Счастье в уверенности!

Полное генотиприование опухоли

Почему в анализе солидных опухолей важную роль играет полногеномное определение числа копий?

  • Значимость изменния числа копий (делеций и амплификаций) установлена для большого числа онкогенов.
  • Количество и сложность аберраций указывает на прогноз для многих солидных опухолей.
  • Выявление аберраций в субклонах и оценка эволюции клонов играют решающую роль в принятии решений относительно выбора правильного лечения.

Полногеномное определение количества копий и участков с потерей гетерозиготности (LOH), исследование опухолевых  клеток с высокой разрешающей способностью, плюс соматические мутации, и все это в одном анализе с помощью микроматрицы FFPE OncoScan™.

  • Разрешающая способность в 50–100 тысяч нуклеотидов по ~900 онкогенам.
  • Определение полногеномного числа копий с разрешением в 300 тысяч нуклеотидов для всех других генов.
  • Полногеномное определение участков с потерей гетерозиготности (LOH) при нормальной копийности генов.
  • Высокий динамический диапазон, составляющий более 10 копий.
  • Подтвержденное соответствие по выявленным FISH амплификациям ключевых опухолевых генов, в том числе ERBB2 (Her2), EGFR, MDM2, MYC, FGFR1 и др.
  • Соматические мутации, определяющие эффективность таргетной терапии.

Получение полногеномного анализа числа копий и профилей потери гетерозиготности (LOH) на основе проб солидной опухоли представляет собой значительную сложность в силу того, что приходится работать с ограниченным количеством ДНК из значительно нарушенных проб FFPE.

Простой метод, основанный на полногеномном сканировании, позволяет избежать традиционно однолокусного, основанного на низком разрешении и страдающего от «узких мест в системе» анализа по методам FISH и PCR. 

Несмотря на то, что технологии секвенирования следующего поколения подтвердили возможность применения при выявлении мутаций, поблемы с таргетным обогащением материала и многократным покрытием одного участка при секвенировании, сложностью получения статистически достоверных данных о числе копий генов  по гетерогенным FFPE-образцам, делают такой анализ трудной задачей.

Технология FFPE OncoScan™, дает возможность провести полногеномное исследование числа копий с выявлением участков с потерей гетерозиготности LOH, при улучшенном разрешении по ~900 генов опухолевым генам и определить статус часто исследуемых соматических мутаций, и все это на материале одной и той же пробы. Данные возможно получить на основе всего 80 нг ДНК из FFPE-пробы.

Анализ опухоли по технологии FFPE OncoScan™ .

Срок выполнения - 8 дней.

Новости
6 февраля 2016 09:09
Новая статья
О лечении онкологии
9 октября 2015 17:43
Акция до конца октября - успевайте!
9 сентября 2015 09:31
Нам 6 лет
Нам исполнилось 6 лет!

Архив новостей